Tim und sein Bruder Ted – ehemals Boss Baby – sind mittlerweile erwachsen geworden und haben kaum mehr Kontakt. Stattdessen fokussiert sich Tim auf seine eigene kleine Familie: Seine siebenjährige Tochter Tabitha, die sich nur auf ihre fordernde Schule konzentriert, und das Baby Tina. Doch Tina hat das Erbe ihres Onkels angetreten – sie entpuppt sich als sprechende Agentin der Baby Corp und bringt so die Brüder wieder zusammen. Mit dem Auftrag, den Geheimnissen von Tinas spezieller Schule auf den Grund zu gehen, verwandeln sich die Brüder in Babys. Bis sie das Geheimnis lösen und die bösartigen Pläne des Schulleiters durchkreuzen können, gibt es einige spannende und spaßige Abenteuer zu überstehen.
Der zweite Teil der „Boss Baby“-Reihe greift wichtige und aktuelle Themen wie Erwachsenwerden und Leistungsdruck auf und vermittelt Werte wie familiären Zusammenhalt. Diese Botschaften werden mit jeder Menge Gags vermittelt, wobei der Humor an der ein oder anderen Stelle etwas platt ist. Die witzigen Momente und die rasante Handlung sprechen vor allem Kinder im Grundschulalter an, die schon etwas Filmerfahrung gesammelt haben. Älteren Kindern kann die Handlung an mancher Stelle etwas zu vorhersehbar sein, für jüngere kann es zu aufregend werden.
Einige humorvolle Szenen bringen Kinder wie Eltern zum Lachen, an anderer Stelle sind die Witze etwas platt. Außerdem wird die Botschaft vermittelt, wie wichtig Zusammenhalt innerhalb der Familie ist. Die Anspielungen auf das Berufsleben können für einige Kinder unverständlich sein. Außerdem kann sie das durchgehend hohe Tempo überfordern.